La oscuridad se ha establecido sobre Nueva York mientras Shredder y su malvado Clan del Pie están metidos en todo, desde la policía hasta los políticos. El futuro es gris hasta que cuatro inverosímiles hermanos se levantan desde las alcantarillas y descubren su destino como las Tortugas Ninja. Las tortugas deber trabajar con la intrépida reportera April y su camarógrafo Vern Fenwick para salvar la ciudad y descubrir el diabólico plan de Shredder.